Mặc dù các hệ sinh thái biển cung cấp các dịch vụ hệ sinh thái thiết yếu, chúng phải đối mặt với nhiều mối đe dọa khác nhau. [19]

Sự khai thác và phát triển của con người

Các hệ sinh thái biển ven bờ phải chịu áp lực về dân số ngày càng tăng, với gần 40% dân số trên thế giới sống cách bờ biển 100 km.[20] Con người thường tập hợp gần các sinh cảnh ven biển để tận dụng các dịch vụ hệ sinh thái. Ví dụ, thủy sản đánh bắt ven biển từ rừng ngập mặn và các sinh cảnh rạn san hô được ước tính đem về tối thiểu 34 tỷ đô la lợi nhuận mỗi năm.[20] Tuy nhiên, nhiều sinh cảnh trong số này được bảo vệ một cách hời hợt hoặc không được bảo vệ. Diện tích rừng ngập mặn trên toàn thế giới đã giảm hơn 1/3 kể từ năm 1950, [21] và 60% rạn san hô trên thế giới hiện đang bị đe dọa ngay lập tức hoặc trực tiếp.[22][23] Sự phát triển của con người, nuôi trồng thủy sản và công nghiệp hóa thường dẫn đến sự phá hủy, thay thế hoặc suy thoái các sinh cảnh ven biển. [20]

Ngoài khơi, các hệ thống biển nổi đang bị đe dọa trực tiếp do đánh bắt quá mức. [24] Đánh bắt thủy sản toàn cầu đạt đỉnh vào cuối những năm 1980, nhưng hiện đang giảm, mặc dù nỗ lực đánh bắt ngày càng tăng. [17] Sinh khối cá và mức độ dinh dưỡng trung bình của nghề cá đang giảm dần, dẫn đến suy giảm đa dạng sinh học biển. Đặc biệt, sự tuyệt chủng cục bộ đã dẫn đến sự suy giảm các loài lớn, sống lâu, phát triển chậm và những loài có phạm vi địa lý hẹp. [17] Suy giảm đa dạng sinh học có thể dẫn đến suy giảm liên quan đến các dịch vụ hệ sinh thái. Một nghiên cứu dài hạn báo cáo sự sụt giảm 74–92% sản lượng đánh bắt trên một đơn vị nỗ lực của cá mập ở bờ biển Úc từ những năm 1960 đến năm 2010. [25]

Ô nhiễm

Bài viết chính: Ô nhiễm biển

• Dinh dưỡng[26]
• Lắng cặn
• Mầm bệnh
• Các chất độc hại
• Rác thải và vi nhựa

Những yếu tố ảnh hưởng nhân tạo

• Thương mại hàng hải, thủy hải sản toàn cầu
• Vận chuyển nước dằn
• Nuôi trồng thủy sản

Biến đổi khí hậu

• Trái đất ấm lên
• Tăng tần suất / cường độ bão
• Axit hóa đại dương
• Mực nước biển dâng